Balai Diklat Keagamaan Manado pertama kali berdiri pada tahun 1981 yang berkantor disamping Kantor Departemen Agama Kota Manado di Kelurahan Kampung Islan (sekarang MAN Model). Pada saat itu kegiatan diklat berlangsung dari gedung satu ke gedung lainnya, dan yang sering digunakan yaitu gedung Catnas Tateli Malalayang (Kipan saat ini).
Pada pertengahan tahun 1985, Balai Diklat Keagamaan Manado pindah ke gedung Islamic Centre dengan tujuan efektifitas dan efiensi ruang/aula untuk pelaksanaan kegiatan diklat, sehingga tidak lagi menyewa gedung seperti yang lalu.
Sekalipun demikian pihak Balai Diklat Keagamaan tetap memberikan kontribusi financial untuk Islamic centre pada setaip kegiatan diklat, walau nilainya tidak sebanding dengan sewa gedung. Kemudahan pindah ke Islamic Centre tidak lain karena gedung tersebut milik Yayasan Karya Islamiyah, yang pada saat itu pengurusnya dipercayakan kepada Wagub Abdullah Mokoginta sebagai Ketua, Kepala Balai Diklat Drs. H. Djainuddin Ahmad sebagai Sekretaris dan Kasubag TU Balai Diklat, Udin Lantjo, BA sebagai Bendahara.
Perjalanan panjang Balai Diklat Keagamaan Manado mulai menemui titik terang setelah pada tahun 1984 turun anggaran sebesar Rp. 60 juta dan bisa membeli tanah (kebun kelapa) seluas 12.320 meter persegi dari salah seorang warga Kairagi I Kec. Dimembe Kab. Minahasa bernama Ny. Poppy Pandean R (46 tahun) yang berlokasi di Paniki Bawah Kec. Dimembe Kab. Minahasa (sekarang Kec. Mapanget Kota Manado) dengan Akta Jual Beli Nomor : 110/Agr/Dmb/X/1985 tanggal 24 Oktober 1985 dan Sertifikat Hak Milik Nomor : 66171125 Kantor Agraria Kab. Minahasa untuk lokasi calon Kantor Balai Diklat Keagamaan.
Pada tahun 1991, dana Pusat mulai mengucur untuk pembangunan kantor balai diklat, asrama dan mushala. Disusul dengan anggaran tahun berikutnya 1992 untuk pembangunan aula dan dapur. Dan tahun 1995 anggaran untuk pembangunan pagar keliling kantor.
Pembangunan fisik balai diklat rampung, pada tahun 1994, setelah 13 tahun berkantor di Islamic Centre Balai Diklat Keagamaan Manado pindah ke Kantor baru di jalan Mr. A.A.Maramis Km. 9 Paniki Bawah Manado Kec. Mapanget sampai sekarang dengan nomor telepon 0431-811310, fax. 0431-811532 dengan website : http://bdkmanado.kemenag.go.id.
Berdasarkan KMA Nomor 345 tahun 2004 menyatakan bahwa Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan merupakan Unit Pelaksana Teknis Badan Penelitian Pengembangan Agama dan Pendidikan Pelatihan Keagamaan (Badan Litbang Agama dan Diklat Keagamaan), sekarang Badan Litbang dan Diklat; berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Litbang dan Diklat.
Susunan Organisasi Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan (Balai Diklat Keagamaan) sesuai dengan KMA Nomor 345 tahun 2004 adalah :
- Sub Bagian Tata Usaha; melaksanakan tugas pelayanan dan administrasi bagi satuan kerja di lingkungan Balai Diklat Keagamaan
- Seksi Diklat Tenaga Administrasi; mempunyai tugas melakukan penyiapan dan pelaksanaan program, kegiatan akademik, kepesertaan dan sarana diklat structural, diklat kepemimpinan, fungsional dan teknis administrasi
- Seksi Diklat Tenaga Teknis Keagamaan; mempunyai tugas melakukan penyiapan dan pelaksanaan program, kegiatan akademik, kepesertaan dan sarana diklat fungsional dan teknis keagamaan.
- Kelompok Jabatan Fungsional; mempunyai tugas melakukan kegiatan sesuai bidang keahliannya. Termasuk kedalam kelompok jabatan fungsional ini adalah widyaiswara dan pustakawan.
Pembinaan teknis terhadap Balai Diklat Keagamaan dilaksanakan oleh Kepala Pusdiklat Tenaga Administrasi dan Kepala Pusdiklat Tenaga Teknis Keagamaan sesuai bidang tugas masing-masing dan pembinaan administrasi dilakukan oleh Sekretaris Badan Litbang dan Diklat.
Pada KMA No. 345 Tahun 2004 (pasal 2) menyebutkan bahwa tugas Balai Diklat Keagamaan adalah melaksanakan pendidikan dan pelatihan tenaga administrasi dan tenaga teknis keagamaan sesuai dengan wilayah kerja masing-masing.